نشأت الهيئة الوطنية لتنفيذ اتفاقيات حظر الأسلحة الكيميائية بداية عام 1997م كمركز وطني لتأمين الاتصال الفعال بمنظمة حظر الأسلحة الكيميائية (OPCW) في لاهاي وتنفيذ الإجراءات التي تضمنتها بنود اتفاقية (حظر استحداث وإنتاج وتخزين واستعمال الأسلحة الكيميائية وتدمير تلك الأسلحة) التي تم اعتماد نصها في مؤتمر نزع السلاح في جنيف بتاريخ 1992/9/3م، ودخلت الاتفاقية حيز النفاذ بتاريخ 1997/4/29م، وقد كانت الهيئة الوطنية معنية في بداياتها بموضوع حظر الأسلحة الكيميائية فقط، واضيف لمهامها فيما بعد الأمور المتعلقة بحظر الأسلحة البيولوجية، وتنفيذ تدابير بناء الثقة التابع لاتفاقية جنيف (حظر تطوير وإنتاج وتخزين الأسلحة البيولوجية والأسلحة السمية وتدميرها) الموقعة في 1972/4/10م، والتي دخلت حيز النفاذ في 1975/3/26م، وعليه أصبح مسمى الهيئة الوطنية المسمى الحالي (الهيئة الوطنية لتنفيذ اتفاقيات حظر الأسلحة الكيميائية والبيولوجية). وإنشاء هذه الهيئة الوطنية وتطورها يدل على مدى اهتمام المملكة العربية السعودية في تنفيذ قواعد القانون الدولي والاتفاقيات الدولية ومواكبة المجتمع الدولي على كافة الأصعدة، ومنها حظر الأسلحة الكيميائية والبيولوجية.