يترأس الأمانة العامة سعادة نائب الامين العام السفير/ خالد بن فيصل السحلي
تتولى الأمانة العامة ما يأتي:
إعداد لوائح الهيئة الإدارية والمالية
والوظيفية والفنية وعرضها على مجلس الهيئة تمهيداً للموافقة عليها.
إعداد جداول أعمال اجتماعات مجلس الهيئة
وتحضيرها ومتابعة اعمال فرق العمل المنبثقة منها.
تسجيل المداولات والمناقشات والتوصيات
وإعداد محاضر مجلس الهيئة وفرق الاعمال.
متابعة تنفيذ توصيات مجلس الهيئة وإعداد
تقارير دورية عن أعمالها وإنجازاتها.
إعداد ملفات الهيئة كالمحاضر والوثائق
والمستندات وكل ما يتعلق بأعمالها الإدارية والمالية وتنظيمها وحفظها.
توفير الوثائق والمصادر والمراجع التي
تحتاج إليها الهيئة وفرق أعمالها، وتزويدها بالمراسلات والاتصالات ذات العلاقة
بأعمالها.
إدارة أعمال الفرق واللجان الفنية بالهيئة
ومساندتها في تنفيذ المهمات الموكلة إليها.
إنشاء قاعدة بيانات وطنية عن الأسلحة
الكيميائية والبيولوجية بالتعاون مع الجهات المعنية الممثلة في الهيئة.
تنظيم الندوات وجلسات العمل والدورات
التدريبية المتصلة بأعمال الهيئة واختصاصاتها.
أي مهام أخرى تسند إليها من مجلس الهيئة.
