تختلف كل دولة من الدول الأطراف عن الدول الأخرى، وتمتلك سلطة تقديرية في تحديد حجم وهيكل وتكوين وولاية هيئتها الوطنية. يمكن للدولة الطرف إما أن توكل المهمة إلى أي هيئة حكومية قائمة أو وكالة لتكون بمثابة الهيئة الوطنية، أو تؤسس هيئة جديدة كلياً مخصصة لهذا الغرض.
ويمكن أن تكون الهيئة الوطنية كياناً مركزياً بمسؤوليات تغطي جميع جوانب التنفيذ الوطني للاتفاقية، أو كيان لامركزي يعمل كجهة اتصال بين منظمة حظر الأسلحة الكيميائية والإدارات أو الوكالات الحكومية المتعددة المسؤولة عن جوانب محددة من عملية التنفيذ الوطني.
تحدد الظروف الخاصة لكل دولة طرف تركيبة هيئتها الوطنية وهيكلها وولايتها. تشمل العوامل التي قد تؤثر على ذلك أنواع المرافق الكيميائية التي تمتلكها الدولة العضو، وكمية الموارد التي يمكن أن تخصصها للتنفيذ، أو ما إذا كانت تمتلك أسلحة كيميائية أم لا.
بالنسبة للدول الأطراف التي لا تمتلك أسلحة كيميائية ولديها صناعات كيميائية قليلة أو غير مصرح عنها، يمكن أن تكون الهيئة الوطنية هيئة تتكون من شخص واحد أو شخصين فقط داخل إدارة أو وزارة حكومية قائمة، أما بالنسبة للدول الأطراف التي لديها برامج كبيرة مصرح عنها للتصنيع أو برامج لتدمير الأسلحة الكيميائية، فقد تكون السلطة الوطنية وكالة حكومية مستقلة.
